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目次
インストールと基本的な使用
シーケンスデータを処理するための一般的な方法
オンラインデータを取得:Entrezデータベースクエリ
シーケンスアライメントと構(gòu)造分析
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Python Biopythonを使用したバイオインフォマティクス

Jul 27, 2025 am 02:33 AM
python

Biopythonは、バイオインフォマティクスの生物學(xué)的データを処理するための重要なPythonライブラリであり、開(kāi)発効率を向上させるための豊富な機(jī)能を提供します。インストール方法は簡(jiǎn)単です。PIPインストールBiopythonを使用してインストールを完了することができます。 Bioモジュールをインポートした後、FASTAファイルなどの一般的なシーケンス形式をすばやく解析できます。 SEQオブジェクトは、DNA、RNA、および反転補(bǔ)完とタンパク質(zhì)配列への翻訳などのタンパク質(zhì)配列の操作をサポートしています。 Bio.entrezは、NCBIデータベースにアクセスしてGenBankデータを取得できますが、メールボックスを設(shè)定する必要があります。さらに、BioPythonは、構(gòu)造解析タスクに適したペアワイズシーケンスアライメントとPDBファイルの解析をサポートしています。

Python Biopythonを使用したバイオインフォマティクス

Biopythonは、バイオインフォマティクスの分野におけるPythonにとって重要なツールライブラリです。生物學(xué)的データを処理するための多くの実用的な機(jī)能を提供します。バイオインフォマティクスに関與し始めたばかりの場(chǎng)合、またはすでにいくつかの基本があるが、Pythonを使用して効率を改善したい場(chǎng)合は、Biopythonが良い選択になります。

Python Biopythonを使用したバイオインフォマティクス

インストールと基本的な使用

Biopythonのインストールは比較的簡(jiǎn)単です。通常、PIPで行うことができます。

 PIPインストールBiopython

インストールが完了したら、PythonスクリプトにBioモジュールをインポートすると、使用を開(kāi)始できます。たとえば、FASTAファイルを読む:

Python Biopythonを使用したバイオインフォマティクス
バイオインポートSeqioから

seqio.parse( "example.fasta"、 "fasta")の記録について:
    print(record.id)
    print(record.seq)

この例は、共通のシーケンス形式をBiopythonですばやく解析する方法を示しています。自分でパーサーを書(shū)く必要はありません。多くの時(shí)間を節(jié)約します。


シーケンスデータを処理するための一般的な方法

BiopythonのSeqオブジェクトは、DNA、RNA、およびタンパク質(zhì)配列を簡(jiǎn)単に操作できます。たとえば、逆補(bǔ)體:

Python Biopythonを使用したバイオインフォマティクス
 Bio.seqからImport seq

DNA = seq( "atgc")
print(dna.reverse_complement())#出力cgta

これは、ゲノム分析を行う場(chǎng)合に特に一般的です。手動(dòng)の実裝はエラーが発生しやすく、組み込み関數(shù)を使用すると、さらにトラブルが節(jié)約されます。

また、タンパク質(zhì)配列に翻訳することもできます。

 print(dna.translate())#出力m

これらの操作はカプセル化されており、呼び出すのが非常に直接的です。


オンラインデータを取得:Entrezデータベースクエリ

BioPythonは、NCBIなどのデータベースにアクセスするためのインターフェイスを提供します。たとえば、 Bio.Entrezを使用してGenBankデータを直接取得できます。

バイオインポートEntrezから

Entrez.Email = "your_email@example.com"
print(handle.read())

このようにして、Webページをダウンロードして形式を変換することなく、特定のIDの完全な遺伝子情報(bào)を直接取得できます。 NCBIではメールアドレスを提供する必要があります。そうしないと、アクセスが制限される場(chǎng)合があります。


シーケンスアライメントと構(gòu)造分析

BioPythonは、 pairwise2比較を使用するなど、単純な比較関數(shù)もサポートしています。

バイオインポートペアワイズ2から
Bio.seqからImport seq

alignments = pairwise2.align.globalxx(seq( "acgt")、seq( "agt")))
アライメントのアライメントについて:
    print(pairwise2.format_alignment(*alignment))

ブラストを置き換えることはできませんが、スクリプトで迅速な比較を行うことは非常に便利です。

タンパク質(zhì)構(gòu)造を分析する場(chǎng)合、BioPythonはPDBファイルの解析もサポートします。これは、一部の構(gòu)造関連分析タスクに適しています。


基本的にそれだけです。 Biopythonには多くの機(jī)能がありますが、開(kāi)始するのは難しくありません。重要なのは、モジュールを使用して実際の問(wèn)題を解決する方法を知ることです。 BioPythonを使用すると、ファイルの解析、シーケンス操作、データベースクエリなどのタスクの開(kāi)発時(shí)間を大幅に節(jié)約できます。

以上がPython Biopythonを使用したバイオインフォマティクスの詳細(xì)內(nèi)容です。詳細(xì)については、PHP 中國(guó)語(yǔ) Web サイトの他の関連記事を參照してください。

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